Além disso, o tratamento também é indicado nos casos de parafilias ou desvios sexuais, quando o indivíduo se excita somente com objetos ou situações que escapam às normas socialmente aceitas, como o fetichismo, o masoquismo e a pedofilia. A terapia sexual ainda trata do transtorno de identidade de gênero, quando o homem ou a mulher apresentam dificuldades em lidar com o sexo biologicamente estabelecido.
De acordo com Oswaldo M. Rodrigues Jr, diretor e psicoterapeuta do Instituto Paulista de Sexualidade, ex-presidente da SBRASH (Sociedade Brasileira de Estudos em Sexualidade Humana) e autor de 17 livros sobre sexualidade, entre as principais queixas levadas ao consultório pelos homens estão a disfunção erétil, seguida da inibição do desejo sexual e da ejaculação precoce. Já as mulheres reclamam da inibição do desejo sexual, dificuldades em obter orgasmos (anorgasmia) e vaginismo.
A terapia sexual também pode auxiliar o casal com dificuldades em seu relacionamento, tratando da inadequação sexual, como as diferenças de necessidades sexuais, formas e freqüências do ato sexual, e da expressão da sexualidade entre os cônjuges.
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